Desde sus inicios en 1986, la misión del Centro de Investigación del Presidio ha sido desarrollar y conservar una colección de materiales de investigación y objetos culturales para apoyar los programas arqueológicos, de investigación, educativos y de conservación del SBTHP y del Parque Histórico Estatal El Presidio de Santa Bárbara. El Centro también apoya y realiza investigaciones para asegurar la integridad histórica de la restauración y reconstrucción del Parque Estatal y de las propiedades históricas del SBTHP.

El programa de investigación del Centro se centra en la historia de:

• el Presidio durante las épocas española y mexicana de la historia de California, incluyendo el entorno político, social, económico, cultural, intelectual y ecológico del Presidio.

• el vecindario del Presidio y los pueblos que han vivido allí a lo largo del tiempo.

• el movimiento de preservación histórica en el condado de Santa Bárbara, incluyendo el papel del Fideicomiso de Santa Bárbara para la Preservación Histórica en ese movimiento.